[App.config]

<configuration>
  <configSections />
  <runtime>
    <assemblyBinding xmlns="urn:schemas-microsoft-com:asm.v1">
      <!-- 実行ファイル配下の CommonLib フォルダ、および、Plugin フォルダを
           プライベートアセンブリ検索パスに追加 -->
      <probing privatePath="CommonLib;Plugins" />
    </assemblyBinding>
  </runtime>
</configuration>

※ configSections 要素よりも後に記述しないと構成ファイルのエラーが発生するので注意！！

参考文献:
アセンブリの場所の指定 - MSDN